Mediante Decreto 1239 de 2003, se creó la Comisión Nacional Intersectorial de Migración (CNIM) como un órgano para la coordinación y orientación en la ejecución de la política migratoria del país.

Dicho órgano es presidido por el Ministerio de Relaciones Exteriores, y está conformado por el Ministerio del Interior y de Justicia (actualmente el Ministerio del Interior y el Ministerio de Justicia), el Ministerio de Defensa Nacional, el Ministerio de la Protección Social (actualmente el Ministerio de Salud y Protección Social y el Ministerio del Trabajo), el Ministerio de Comercio, Industria y Turismo, el Departamento Administrativo de Seguridad "DAS" (actualmente la Unidad Administrativa Especial Migración Colombia), el Departamento Nacional de Planeación, el Instituto Colombiano para el Fomento de la Educación Superior "ICFES", el Instituto Colombiano de Crédito Educativo y Estudios Técnicos en el Exterior "ICETEX", y la Dirección de Asuntos Consulares y Comunidades Colombianas en el Exterior del Ministerio de Relaciones Exteriores (actualmente la Dirección de Asuntos Migratorios, Consulares y Servicio al Ciudadano del Ministerio de Relaciones Exteriores).

Dentro de sus principales funciones se encuentran:

1. Sugerir las pautas para la fijación y coordinación de la política migratoria;

2. Coordinar estudios relacionados con las necesidades sociales, demográficas, económicas, científicas, culturales, de seguridad, de orden público y sanitario, que tengan incidencia en materia migratoria nacional;

3. Efectuar estudios comparativos de la política migratoria colombiana con otros Estados;

4. Hacer un seguimiento a los acuerdos o tratados y demás compromisos internacionales adquiridos por Colombia, con incidencia en el tema migratorio, para velar por su aplicación. Así como también, a la reglamentación interna en materia migratoria, con el fin de emitir las recomendaciones necesarias para su debida aplicación;

5. Presentar propuestas sobre programas para colombianos que retornan al país;

6. Propiciar programas que permitan la re-vinculación de los nacionales colombianos con el país;

7. Orientar a los colombianos en el exterior, respecto a estrategias en torno a los derechos de la protección y seguridad social, a fin de preservar la historia laboral y demás beneficios a que pueden acceder los trabajadores.