El año 2000, mediante Decreto 321 de 2 de marzo, se estableció la “Comisión Intersectorial Permanente para la Coordinación y Seguimiento de la Política Nacional en materia de Derechos humanos y DIH”.

En el año 2011, mediante Decreto 4100 el Gobierno Nacional consideró “…necesario reestructurar y fortalecer en aspectos tales como integración y funciones, la Comisión Intersectorial de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario liderada por el Vicepresidente de la República, para erigirla como la instancia de definición, promoción, orientación, articulación, seguimiento y evaluación de la Política Integral de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario, de respuesta e impulso al cumplimiento de los compromisos internacionales en esas materias, así como la incorporación del enfoque de derechos y del enfoque diferencial en las políticas sectoriales”.

La Comisión Intersectorial está conformada por las siguientes entidades.

1. El Vicepresidente de la República, quien la presidirá.
2. El Ministro del Interior
3. El Ministro de Relaciones Exteriores.
4. El Ministro de Justicia y del Derecho.
5. El Ministro de Defensa Nacional
6. El Ministro de Agricultura y Desarrollo Rural.
7. El Ministro de Salud y Protección Social.
8. El Ministro del Trabajo
9. El Ministro de Educación Nacional.
10. El Ministro de Cultura.
11. El Director de la Agencia Presidencial para la Acción Social y la Cooperación Internacional, o quien haga sus veces.

Así mismo, la Fiscalía General de la Nación, la Procuraduría General de la Nación, la Defensoría del Pueblo, la Contraloría General de la República, el Consejo Superior de la Judicatura y el Congreso de la República participación en la comisión en calidad de invitados permanentes.

Las funciones de la Comisión Intersectorial son:

1. Coordinar el Sistema Nacional de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario.
2. Orientar el diseño, implementación, seguimiento y evaluación de la Política Integral en Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario y la incorporación del enfoque de derechos y el enfoque diferencial en las políticas sectoriales.
3. Definir los Subsistemas en materia de respeto y garantía de los derechos civiles, políticos, económicos, sociales, culturales, colectivos y del ambiente, y la aplicación del Derecho Internacional Humanitario, así como la integración de los Grupos Técnicos encargados de coordinarlos y los roles de las entidades y dependencias correspondientes.
4. Aprobar el Mecanismo de Coordinación Nación-Territorio, hacer recomendaciones para que el diseño institucional en los órdenes nacional y territorial se encuentre debidamente articulado y definir las directrices para su implementación.
5. Promover acciones e impulsar iniciativas para que el ordenamiento jurídico interno incorpore los estándares internacionales de derechos humanos y Derecho Internacional Humanitario.
6. Impulsar el cumplimiento y seguimiento de los compromisos y obligaciones internacionales en materia de derechos humanos y Derecho Internacional Humanitario, Orientar las acciones de coordinación y articulación con el Sistema Nacional de Atención y Reparación a Víctimas.
7. Orientar el diseño e implementación de estrategias de promoción y divulgación en materia de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario.
8. Definir los lineamientos generales para la conformación y operación de un Sistema de Información, que permita monitorear, hacer seguimiento y evaluar la situación de derechos humanos y Derecho Internacional Humanitario, y el impacto de la Política Integral.
9. Definir estrategias de gestión de recursos presupuestales para la adecuada implementación de la Política Integral de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario, y en general, para el funcionamiento del Sistema Nacional de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario.
10. Adoptar su reglamento interno y el plan estratégico del Sistema Nacional de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario