Por muchos años, la relación bilateral se desarrolló a través de un amplio sistema de mecanismos que abarcaban casi la totalidad de los temas de la agenda común. Sin embargo, en la nueva etapa de relacionamiento con Venezuela, los presidentes de Colombia y Venezuela decidieron crear comisiones técnicas para el tratamiento de algunos temas de la agenda bilateral.

Las siguientes son las comisiones que actualmente están operando con Venezuela:

1.    Comité binacional económico y productivo

2.    Comisión interministerial en materia de turismo

3.    Comisión para desarrollar un plan de trabajo de inversión social en la zona de frontera

4.    Comisión para el desarrollo conjunto de obras de infraestructura

5.    Comisión de seguridad

6.    Comisión de energía

El proceso de diálogo a través de las comisiones ha permitido, no sólo construir confianza entre las autoridades de los dos países, sino también fortalecer la cooperación con el vecino país en distintas áreas como la seguridad, la lucha contra el narcotráfico, la infraestructura fronteriza y la cooperación energética, así como el pago de gran parte de la deuda con los exportadores colombianos y la prórroga de las preferencias arancelarias entre los dos países mientras se concluye la negociación de un acuerdo comercial.